神奇宝贝迎来了这一次精彩的剧场版，没错神奇的皮卡丘又要出来放电了，当然他依然会选择成功的面对各种各样的难题，只是不知道为何他心中会出现了更多的想法，与小智一同真正的走向神奇宝贝的终点，挑战大师的称号，他们似乎志在必得，但是难题与坎坷出现，他们的自信真的能够应对一切吗？
一百年前，神奇宝贝们在沙漠之城的“迪沙陆市”爆发战争，遭到严重破坏，据说此战由一只神奇宝贝发端，但某人封印这只神奇宝贝，此都其后东山再起。 　　为了成为神奇宝贝大师，小智一行人继续着旅行。旅途中，他们到达了沙漠之中的神奇宝贝中心。正在吃着甜甜圈休息的时候，背后出现了谜之光轮。接着从光轮中伸出了手，夺走了甜甜圈，小智与皮卡丘紧紧抓住这只手，然后他们被吸入了光轮。就这样光轮消失了，留下了呆住的莎莉娜、希特隆和柚丽嘉…。 　　从光轮中飞出了小智与皮卡丘。小智对景色突然的变化感到困惑。远方可以看到很大的塔，小智与皮卡丘原来通过光轮，瞬间移动到了这次旅行的目的地迪沙陆市。两位就遇到来自阿尔刻之谷的少女玛黎，胡巴就开始使种东西“出现”。喜欢恶作剧的胡巴把小智和皮卡丘称呼为“小痴”和“皮喀”，不过他们之后成为好朋友。 　　抵达迪沙陆市时，小智他们跟玛黎的哥哥巴尔札相遇，他手上有一瓶壶，据说封印了那只神奇宝贝的“束缚之壶”，这瓶壶也开始撒发邪恶的气氛，然后就突然启封，一只拥有同样气氛的神奇宝贝出现！原始固拉多、原始盖欧卡、帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳和酋雷姆也都出现，城镇处于危险。 　　为了保护城市，胡巴以自己的光轮使更多传说中的神奇宝贝“出现”, 小智一行与胡巴以及那些能传说中的神奇宝贝够保护迪沙陆市吗？光轮有何种秘密的力量？这只神奇宝贝的正体是?小智、皮卡丘以及胡巴的冒险开始了！
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